Ο Έρνστ Χούντσιγκερ εργάζεται στις Κλινικές Οστεοπόρωσης και Ορθοπεδικής Χειρουργικής στο Inselspital (Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο της Βέρνης). Επίσης κάνει έρευνα στη Βιοτεχνολογία και την Ιστολογία στους τομείς της μηχανικής των χόνδρων και των οστών. Η πιο πρόσφατη δημοσίευσή του είναι «Το Υαλουρονικό οξύ που προάγει την οστεογένεση του BMP-2 σε ένα απορροφήσιμο σφουγγάρι κολλαγόνου».