Ο Σπύρος Δουκουδάκης γεννήθηκε την 4η Ιουνίου 1955 στην Αθήνα, και μεγάλωσε στην Καισαριανή. Σπούδασε Οδοντιατρική στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, απ’ όπου αποφοίτησε το 1979.
Το 1982 ολοκλήρωσε τα δύο μεταπτυχιακά του προγράμματα (ειδικότητα και MSc) στην Οδοντιατρική Σχολή της Iowa. Την ίδια χρονιά εξελέγη επίκουρος καθηγητής στο Case Western Reserve University Ohio.
Σήμερα είναι επίκουρος καθηγητής στην Οδοντιατρική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου, και έχει δημοσιεύσει σημαντικό αριθμό εργασιών. Είναι έγκριτο μέλος διεθνώς αναγνωρισμένων Eπιστημονικών Eταιρειών όπως των American Academy of Operative Dentistry και Academy of fixed Prosthodontics, ενώ είναι μέλος του International College of Dentist και Iδρυτής του Study Club Ενδομυλικής Αποκατάστασης της Προσθετικής Εταιρείας Ελλάδος.